尼勒克位于喀什河谷地，河流在婆罗科努山和阿吾拉勒山之间流向伊犁河。草地、森林与岩石峡谷分布在河岸两侧。河谷的人类居住历史十分久远：喀什河上方的台地发现了青铜时代遗址，也有许多较晚的墓葬。这些遗迹显示，伊犁盆地以东的山地曾有农耕和牧业生活。