京都

足利将军以京都为治所，他们的内斗却几乎毁了这座城市。1467至1477年的应仁之乱主要就在京都街头交战，全城化为废墟，以将军宅邸室町御所所在的北部上京受害最重。幕府已无力保护町人，上京和商业繁盛的下京的町众便自行组成町组，筑墙围住街区，并在1500年让中断了三十三年的祇园祭重新举行。

秩序随天下人的崛起而恢复。1568年织田信长率军入京，随后丰臣秀吉着手改造京都：废除关卡和座的垄断，修建聚乐第，1591年又筑起环绕全城的土垒御土居。德川幕府在江户执政，京都仍是三都之一，天皇居于此地，幕府则派京都所司代坐镇监视。