奎屯得名于自天山北坡流入准噶尔平原的奎屯河。这个蒙古语地名意为寒冷，《元史》中已有记载。河水流经库尔喀喇乌苏以东的古道附近，这一带曾是卫拉特人的土地。十八世纪清军击败准噶尔部后，河谷被纳入帝国重新组织的西部边疆。