呼尔干位于蒙古阿尔泰山的高山湖泊地带。呼尔干湖与邻近的霍通湖由一条短水道相连，两湖的水共同汇入科布多河。山间溪流从周围山岭流向湖泊；湖岸和河谷与下游较为干燥的盆地形成鲜明对照。科布多河继续穿过盆地，流向蒙古西部的大湖地区。