穆西河上游发源于苏门答腊南部巴里桑山脉，穿过森林河谷流向东部平原。从山地源头出发，河流汇集许多支流，经过巨港后抵达邦加海峡。上游河段布满急流和河弯，邻近山岭流下的溪水不断汇入。穆西河是整个流域的主要干道，将高地与岛屿东海岸连接起来。