浩门位于祁连山东段的高谷中，浩门河从这里流过。浩门河是大通河的一段，河水向东流入湟水，最终汇归黄河。上游有广阔湿地，浩门附近的谷地则可耕作和放牧。两侧山岭把这片谷地与其他河谷及更北面的干旱河西走廊分隔开来。