科隆
1288年的沃林根战役中,大主教败给了科隆市民,此后只能住在波恩,进城也仅限于举行宗教仪式。城墙内的权力之争持续得更久。1371年织工起兵反抗贵族把持的议会,遭到血腥镇压;1396年,一场不流血的革命终于彻底结束了贵族统治,市民的行会性团体组成49人议会,新宪章一直沿用到1794年自由市终结。1475年,皇帝腓特烈三世正式确认科隆只听命于皇帝,不受其他领主管辖。
科隆始终没有接受宗教改革,是帝国所有大型自由城市中唯一仍信奉天主教的一座。1582年,大主教格布哈德·特鲁克泽斯·冯·瓦尔德堡脱离教会并结婚,教宗将他逐出教门,改派巴伐利亚的恩斯特接任;随后1583至1588年的科隆战争使多伊茨、波恩和诺伊斯满目疮痍。三十年战争中,科隆出钱让过境军队绕道而行,靠军火生产大赚其钱,还收容了天主教领袖,城市因此毫发无损。