瓦哈通加位于内布拉斯加北部平原，靠近奈厄布拉勒河。河流从怀俄明向东穿过高平原与峡谷，最终汇入密苏里河。在较东的一段河道，基亚帕哈河从北方汇入，较小溪流则汇集谷地以南的水。河谷形成一条林木走廊，穿过沙丘北缘的草原。