瓦休甘河发源于鄂毕河与额尔齐斯河分水地带的广阔沼泽，流经西西伯利亚平原一千多公里后汇入鄂毕河。流域湿地密布，河道蜿蜒穿过泰加林；下游河面渐宽，泛滥平原上散布着支汊、湖泊与浅滩。这条河也为周围的瓦休甘湿地命名，那里是西伯利亚规模巨大的泥炭地之一。