托波利诺耶位于上扬斯克山地南部的通波河左岸。河流在山岭之间的河谷蜿蜒，据说其埃文语名字与扭成的线有关，呼应曲折河道。通波河属于阿尔丹河水系，将高地水流输往勒拿河。西伯利亚东北部严酷的大陆性气候下，森林山坡环绕河岸。