萨吾尔山脉耸立在北面的额尔齐斯河谷与南面的和布克赛尔盆地之间。高峰上保存着冰川，融水汇成溪流，向周围低地流去。山脉是北流入北冰洋的河流与准噶尔内流盆地之间的分水岭，其山坡和谷地则在四周干燥地带之上提供高山牧场。