圣塞巴斯蒂昂位于圣保罗北部海岸，隔着受掩护的水道与同名岛屿相望。森林覆盖的群山紧逼狭窄的海岸平原。葡萄牙聚落在十七世纪升格为镇，周围地区的经济包括制糖和鲸油生产。这里的锚地将海岸社区与巴西东南部的航运路线联系起来。