圣弗朗西斯科河穿过巴西内陆，最终在阿拉戈斯与塞尔希培之间注入大西洋。河口濒临由沙丘、湿地、红树林和沙脊组成的海岸平原。河水将淡水与泥沙带向大海，在河海交会处形成浅滩。葡萄牙人自十六世纪初称其为圣弗朗西斯科河，后来沿河进入巴西东北部内陆。