桑加尔位于勒拿河右岸，在大河与阿尔丹河汇合处的下游。勒拿河在这一带从中游进入下游，继续向北穿越雅库特中部低地。宽阔河谷里分布着水道与岛屿，林地从河岸向外延伸。这条大河形成了连接雅库特内陆与遥远北极海岸的天然通路。