圣拉斐尔潟湖位于北巴塔哥尼亚冰原西缘。圣拉斐尔冰川自山地下降至水面，冰块从冰川前缘断裂并漂浮在潟湖中。森林海岸和太平洋水道环绕湖盆，丰沛降水补给上方冰原。潟湖是巴塔哥尼亚冰川、山地森林与沿海水域的交会之处。