圣佩德罗潟湖位于巴拉那河旁的低地，河道与湿地伴随大河穿过洪泛平原。水位随着河流和季节性降雨变化，浅水及沼泽的范围也随之改变。十六世纪西班牙聚落出现在巴拉那河沿岸之前，原住民族早已利用河流及邻近水域捕鱼和出行。