兹格塘错坐落在念青唐古拉山以北的高原盆地，湖水咸而呈碱性，没有通往海洋的出口，最深处接近四十米。湖水长期分层，密度较低的上层与深层水保持区分。泉水、溪流与季节性径流补给兹格塘错，蒸发则带走湖盆中的水分。