皮帕纳科盐沼占据了卡塔马卡群山间封闭盆地的最低处。季节性溪流从山上带来水和泥沙，蒸发则使盐分聚集在洼地底部。盐沼沿大致南北走向的山脉之间延伸。科罗拉多河在盆地南端接近盐沼后又转向别处，使这片干旱土地的排水情况更为复杂。