佩卡托尼卡河发源于威斯康星西南部的丘陵，向南流入罗克河地区。河名来自阿尔冈昆语，意为“缓慢的水”。漫长曲折的河道先汇入东支流，更下游又接纳舒格河，最后与罗克河相会。水流最终抵达密西西比河，将上游的林地高地与开阔土地连接到西方的大河谷。