库布耶湖位于北极圈以北的亚纳河三角洲东部。形状曲折的湖盆由冻土融化形成，周围是亚纳—因迪吉尔卡低地西部无数湖泊。数条水道流经湖中，大萨曼东水道从湖中流出，通向阿萨贝特湾。淡水湖岸低平，海拔仅略高于海平面。