涅克西坎坐落在西伯利亚东北部高地的别廖廖赫河谷，属于科雷马河流域。涅克西坎溪流与邻近的别廖廖赫河汇集崎岖地带的流水；森林生长在丘陵之间的河谷，漫长冬季使水道冰封。别廖廖赫河将水继续送往科雷马河，最终抵达东西伯利亚海。