纳卡奥梅位于洪都拉斯南部同名河畔，靠近丰塞卡湾。地方传统将聚落的起源归于两个邻近民族的联合，并将地名解释为“两身”或“两块肉”。西班牙人于1535年抵达，不久后建立教堂。1568年，洪水与侵蚀促使居民将聚落迁至离河流更远的地方。