穆萨卡拉位于赫尔曼德河下游谷地以北的干旱丘陵中。穆萨卡拉河流经当地后汇入赫尔曼德河，后者是阿富汗南部的大河之一。河谷在荒芜的丘陵间提供了可耕作的土地，河流则继续向西南流往锡斯坦内陆盆地。这里的聚落集中在从高地带来水源的河道沿线。