莫桑比克海峡南段将马达加斯加与非洲大陆分开，并向南通入印度洋。温暖海水在海峡中形成旋转的水流和涡旋，沿岸输送海洋生物。西方是巴扎鲁托沙质岛屿和莫桑比克海湾，东方则是马达加斯加海岸。横穿这些水域的船只将非洲东部海路与更广阔的印度洋相连。