莫戈特河发源于外兴安岭，流经山间谷地，汇入吉柳伊河。上游河水在林木山脊之间向西南流淌，接纳拉普里河后转向南方；吉柳伊河再将它的水送往精奇里江和黑龙江。这片土地山高林密、冬季漫长，溪流切开山地，滋养东北的大河水系。