梅金比亚位于雅库特西南部纳马纳河右岸；纳马纳河是勒拿河的一条支流。它汇集森林高原的溪流，包括凯伊克特河，然后流向更大的河流。森林河谷与水道构成这片内陆地区的景观。勒拿河将这些水流向东北带过雅库特中部，最终注入拉普捷夫海。