梅科阿坎潟湖位于塔巴斯科低平海岸，处在梅斯卡拉帕河三角洲平原之中。红树林与沼泽环绕浅水，小河注入潟湖，湖水又经多斯博卡斯水道与墨西哥湾相通。潟湖属于更广阔的湿地与水道网络，这片网络由穿过墨西哥湾南部低地的大河塑造。