马萨科河流经瓜波雷流域的低地，这片亚马孙西南部的土地遍布森林与湿地。它与邻近河流一道汇入瓜波雷河，宽阔的河谷既有季节性受淹之地，也有常年沼泽。这一地区的水道与森林长期是原住民族的家园，其中一些群体生活在森林深处。