马拉若岛位于亚马孙河口，河水、潮汐和季节性降雨共同塑造着这座大岛。西部大片地区为茂密的泛滥林所覆盖，东部则铺展着开阔草地。阿拉里河将一座浅湖与马拉若湾相连；洪水季节，河水汇入覆盖岛屿东部内陆的广阔水面。