马拉若湾位于巨大马拉若岛的东面，向大西洋敞开，帕拉河口的水在此与海洋相遇。河流与潮汐水道将海湾与亚马孙水系及南面的森林地带连接起来。高水位期间，淡水从河口沿海岸扩散，在岛屿、泥滩和宽阔水道之间与潮汐交汇。