马拉卡岛位于阿马帕低洼海岸外、亚马孙河口以北。潮汐水道将岛屿分为南北两部分，红树林和淹水草地覆盖了岛上大片地区。这里的海域受到河流泥沙和强烈潮汐影响，泥泞海岸、浅水道与沿岸水域为亚马孙大西洋边缘的鱼类和鸟类提供觅食地。