马菲亚岛位于东非海岸之外，海峡将它与鲁菲吉河三角洲附近的大陆隔开。岛屿南方的乔莱湾周围分布礁石、红树林和小岛。群岛上的斯瓦希里聚落沿海岸及跨印度洋贸易，胡阿尼岛的古城夸有清真寺和石造建筑。捕鱼与航海将群岛与邻近大陆联系起来。