扎日南木错是青藏高原上的广阔内陆湖，湖水微咸，海拔四千六百余米，没有通向海洋的出口。措勤藏布等河流将冈底斯山的水带入盆地，部分湖岸分布着湿地。湖面上方的古湖岸线，记录着湖水曾经覆盖远比今日更大范围的时期。