佩枯错位于青藏高原希夏邦马峰以北，微咸的湖水汇聚在海拔约四千五百九十米的封闭盆地中，四周是高山与干燥坡地。溪流和冰雪融水注入湖泊，但水中盐分显示，湖水已经很长时间没有外溢。在雅鲁藏布江上游与喜马拉雅山之间的寒冷高地上，佩枯错形成一片广阔水面。