小川原湖位于本州北部，靠近太平洋海岸。周围地区的河流注入湖中，高濑川则将湖水向东带入大海。涨潮时海水可沿出口倒灌，使湖水成为半咸水。浅湖岸以及淡水与海水混合的环境，为蛤蜊和鱼类提供栖息地，也将湖泊的生物与山地、海岸联系起来。