马尔卡湖充满南阿尔泰山的一处山间盆地，夹在库尔丘姆山脉与阿祖套山脉之间。小河与溪流注入清澈的湖水，卡勒吉尔河则向西流出，汇入额尔齐斯河。冬季湖面大部封冻，出水口却仍保持开放。湖中有细鳞鲑和茴鱼，岸边海湾曲折，鸟类在滨湖草地筑巢。