马内奇湖位于一处低洼地带，将北高加索山麓与北方草原分隔开来。浅水占据宽阔盆地，周围是干燥草原和盐沼。马内奇洼地保留着黑海与里海古老联系的痕迹；随着水位变化，湖水盐度也随之改变。岛屿和沼泽湖岸为穿越开阔草原的水鸟提供歇息与筑巢之所。