艾伯特湖填满东非大裂谷西支的一处狭长洼地，两岸陡崖高耸。塞姆利基河将爱德华湖的水带入湖泊南端；维多利亚尼罗河则在跌落默奇森瀑布后，从北端注入。湖水继续向北流出，成为艾伯特尼罗河。东岸温泉形成的含盐沉积物，长期为基比罗的制盐者提供原料。