库斯图尔位于雅库特北部多山的贝坦泰河谷。贝坦泰河穿过上扬斯克山地，汇入亚纳河，再由后者将河水送往拉普捷夫海。森林山坡与高山脊围绕河流，北方冬季使河道冰封数月。河谷在勒拿河与亚纳河流域之间的群山中形成一条通道。