科什卡尔湖位于巴尔喀什—阿拉湖盆地，在萨瑟克湖和阿拉湖之间。湖岸低平而漫长，多沼泽，岸边有黏土、沙与砾石。萨瑟克湖经日尼什克苏向科什卡尔湖排水，水流再通向阿拉湖。这片湿地湖群坐落在塔尔巴哈台山与准噶尔阿拉套山下较干燥的土地之间。