喀什噶尔

察合台汗国分裂后，喀什噶尔归于世袭统治塔里木盆地西部的杜格拉特异密。1347年他们拥立秃忽鲁帖木儿为汗，不久又随汗皈依了伊斯兰教。外来的打击接踵而至：1389至1390年帖木儿的军队蹂躏了喀什噶尔，他的孙子兀鲁伯也一度占据此城。杜格拉特人后来卷土重来，其中最后一位强主米尔咱·阿布·巴克尔坐镇叶尔羌统治诸绿洲，直到1514年被蒙兀儿汗赛义德汗赶走。

此后实权落到了宗教领袖手中。白山派和黑山派两支苏菲和卓世系瓜分了各城的势力，1680年白山派首领阿帕克和卓引准噶尔的噶尔丹进入塔里木盆地，准噶尔人从此借和卓之手统治这里。1759年清朝灭准噶尔、攻占喀什噶尔，在城旁驻扎满洲兵；但和卓的后人不断从境外返回，19世纪20年代张格尔夺取了喀什噶尔，清军直到1828年才将其收复。