吉帕拉纳位于乌鲁帕河与日巴拉那河交会处；后者又称马沙杜河，向北穿过亚马孙西南部森林，汇入马代拉河。河名与河床中的石头有关，人们将其比作原住民的斧头。城镇兴起以前，这些河流便流经不同原住民族群的家园，为穿越森林腹地提供水路。