鲸鱼湖位于阿尔金山偏远的高地，因湖形狭长、酷似巨鲸而得名。冰川融水流入湖泊东部，西部湖水则较咸。周围山岭与干燥高地环抱着这片广阔水面；湖盆高寒，远高于北方的塔里木盆地沙漠。东部淡水和西部咸水使湖泊两端具有不同的面貌。