先岛群岛以南的菲律宾海位于琉球南部与开阔太平洋之间。岛屿处在温暖的亚热带水域，许多海岸周围环绕珊瑚礁。黑潮从台湾和琉球岛链附近向北输送暖水。风和台风也塑造海况，使散布诸岛与邻近海岸之间的航行受季节影响。