伊尔吉兹河发源于穆戈扎尔丘陵东坡，向南流经哈萨克草原。其主要支流切特伊尔吉兹河从西面汇入，伊尔吉兹河最终与托尔盖河相会。两河属于一个由湖泊与沼泽组成的内陆流域，并不通向海洋。河谷蜿蜒穿过广阔干燥的平原与低丘地带。