京那巴当岸河上游位于婆罗洲北部的森林内陆。河流发源于沙巴西南部山地，向东蜿蜒数百公里注入苏禄海。广大的流域汇集库阿穆特、马廖和洛干等支流的河水。上游降雨补给下游洪水，平原上的河曲与废弃河道记录着水流的迁移。