瓜卡纳亚沃湾位于古巴东南部，介于岛屿南岸与哈丁内斯德拉雷纳群岛的礁岛之间。古巴最长的河流考托河经宽阔三角洲注入海湾，将泥沙带入浅水。红树林与湿地环绕三角洲，河流带来的养分支持湾内海洋生物。西面礁石与礁岛标示着岛屿陆架边缘。