台吉乃尔诸湖位于柴达木盆地干旱腹地，四周为昆仑山与祁连山系环抱。自昆仑山流下的河流将水和溶解的矿物带入内流盆地，蒸发留下广阔盐层。东、西台吉乃尔湖是这片盐湖与盐滩地带的一部分，湖水和湖岸与周围裸露的荒漠、山地形成鲜明对照。