马尔戈荒漠横亘于赫尔曼德河大弯道内的干旱地带。沙砾覆盖了这片沙漠高原的大部分地表，其下是古代湖床和赫尔曼德盆地的沉积物，其他地方则有沙丘与裸地。当地水源稀少，聚落主要集中于河谷和沙漠边缘的锡斯坦盆地底部。