琼东河穿越亚纳—因迪吉尔卡低地，流向拉普捷夫海。这片平坦微起伏的苔原上，河流在宽阔浅谷中蜿蜒，留下牛轭湖、河汊和岛屿。琼东河中下游经过尤其湿沼的地区。平原向北缓缓倾斜，众多湖泊与积水洼地在漫长北极冬季冰封。